Согласно законодательству, чтобы не потерять право на вычет, ИИС должен быть открыт не менее трёх лет (подп. 4 п. 3 ст. 219.1 НК РФ, подп. 1 п. 4 ст. 219.1 НК РФ). Если вы закрываете ИИС раньше срока или выводите активы ранее трёх лет, это приведёт к потере права на вычет. А значит, если вы уже успели получить вычет на взносы, его следует вернуть в бюджет, уплатив при этом ещё и пени.
Больше информации по общие ограничения по ИИС в нашей статье.
Процедура возврата следующая: в ближайшее время после того, как вы узнали о потере права на вычет, следует подать декларацию в инспекцию. После представления 3-НДФЛ уплачиваете ранее полученную сумму. А потом ждёте расчёт из налоговой по пеням. Учтите, что конкретных сроков подачи декларации нет, но чем раньше вы ее сдадите и вернёте налог, тем меньше будут пени.
Пример
Иванов Иван Иванович, оператор, г. Коломна.
В марте 2016 года открыл ИИС и внёс 400 000 руб. В 2017 году он подал декларацию за 2016 год и получил вычет в размере 52000 руб. В 2017 году он также внёс 400 000 руб., на основании поданной декларации за 2017 год получил возврат в размере 52 000 рублей.
В 2018 году Иванов снял денежные средства с ИИС, что привело к закрытию счёта. Поскольку право на вычет он потерял, то суммы следует вернуть.
Для этого он подаёт одну декларацию за 2017 год через личный кабинет налогоплательщика. Поскольку первичная декларация с вычетом за 2017 год уже была подана, то следует оформить уточняющую декларацию, которая отменит первичную.
При входе в ЛК в верхнем меню следует выбрать «Налог на доходы ФЛ и страховые взносы», а в нём — пункт «Декларация по форме 3-НДФЛ» → «Заполнить/отправить декларацию онлайн».
Как создать личный кабинет налогоплательщика?

В открывшемся окне нужно нажать кнопку «Заполнить новую декларацию» и выбрать год, за который она будет представлена.

Программа перенаправит на страницу «Данные».
- В поле «Номер корректировки» проставляем «1», так как декларация корректирующая. А первичная уже была подана — в ней заявлялся вычет на взносы.
- Если указать ИНН, то заносить данные паспорта нет необходимости.
- Место рождения заполняется как в паспорте
- Если указать ИНН, то заносить сведения о гражданстве нет необходимости.
- Если указать ИНН, то заносить паспортные данные (серию и номер документа, информацию о гражданстве, дате и месте рождения) нет необходимости.
- Указывается код инспекции, куда будет предоставлена декларация, а также муниципальное образование из списка.

После заполнения личных данных переходим во вкладку «Доходы», нажав кнопку «Далее».

Вносим доходы, которые указывали в первичной декларации за 2017 год. Если инспекция выгрузила вашу справку 2-НДФЛ в программу, то вы сможете автоматически перенести ее данные в заполняемую декларацию. Если справку инспекция ещё не выгрузила, то, нажав кнопку «Добавить доход», вам вручную следует перенести показатели.

Данные для заполнения раздела «Источник выплаты дохода» берутся из пункта 1 «Данные о налоговом агенте» справки 2-НДФЛ. Сведения о полученном доходе переносятся из пункта 3 справки 2-НДФЛ. Общие суммы дохода указываются согласно пункту 5 справки 2-НДФЛ. После сохранения происходит переход на вкладку «Доход». Сохраняем и переходим во вкладку «Вычеты».
В первичной декларации за 2017 год Иванов указал сумму инвестиционного взноса, а в уточненной эту сумму показывать не будет. Соответственно, за 2017 год будет задолженность, которую необходимо погасить. В данной графе отражаем сумму вычета, которая была заявлена в 2016 году.
Обратите внимание: несмотря на то, что нужно вернуть вычеты за два года (2016 и 2017), подать можно только одну декларацию.

Декларация сформирована. Подписываем ее неквалифицированной электронной подписью и отправляем. После ее приёма инспекцией можно оплатить налог онлайн из личного кабинета налогоплательщика или воспользоваться сервисом «Уплата налогов физических лиц».
Если не пользовались вычетом, нужно что-то подавать?
Если вы не подавали декларацию на вычет типа «А», то сдавать 3-НДФЛ и возвращать в бюджет ничего не надо. Поэтому, если вы не уверены, что сможете продержать ИИС открытым 3 года, можете не заявлять вычет ежегодно, а подать сразу несколько деклараций ближе к окончанию минимального срока.
Если же вы собирались воспользоваться вычетом типа «Б», но закрыли ИИС ранее трёх лет, то данный вычет просто не будет предоставлен. В любом случае при досрочном закрытии счёта вне зависимости от типа вычета доход, полученный на ИИС, будет обложен НДФЛ.